# COMPLEXA C263–C265 — Figuras reproducibles y límites de interpretación

Los manuscritos C263–C265 y los tres SVG históricos 263.1, 264.1 y 265.1 se conservan íntegros. Los nueve SVG y nueve CSV nuevos representan **resultados analíticos o modelos sintéticos completamente especificados**; no son evidencia empírica, estimaciones de poblaciones naturales ni mediciones clínicas. Las magnitudes de tiempo, copia, frecuencia y actividad no son intercambiables.

## C263: Moran, absorción y reloj

**Figura 263.2 (sección 263.2).** Población haploide M=16, selección reproductiva de A r=2, i=1,…,15. Se elige progenitor proporcional a aptitud (A:r, B:1) y reemplazado uniformemente e independiente (incluye al progenitor). T+(i)=[ri/(ri+M−i)] [(M−i)/M], T−(i)=[(M−i)/(ri+M−i)] [i/M], T0=1−T+−T−. Se registra P(cambio) y P(subida|cambio)=r/(1+r). Los saltos son como máximo de una copia por evento; no se confunden eventos nulos con generaciones.

**Figura 263.3 (sección 263.5).** M=4 y r=0,6,…,3,0 en intervalos 0,06. Duración esperada hasta absorción (i=1,2,3) contando todos los eventos, incluidos los nulos: resolver (T+ + T−) t_i−T+ t_(i+1)−T− t_(i−1)=1; t0=t4=0. El CSV incluye como contraste el tiempo hasta absorción en movimientos efectivos, que elimina eventos nulos y **no** conserva la unidad temporal original. Valores de control: con r=1, t1=22/3 y t2=28/3 eventos; con r=2, t1=8, t2=26/3, t3=6.

**Figura 263.4 (sección 263.6).** Desde i=1 en M=4, comparar tiempo físico al asignar a cada evento reloj de Poisson de tasa total 4, frente a intensidad dependiente del estado λ_i=ri+M−i. Se resuelve el mismo sistema de primer paso con término 1/λ_i. Las probabilidades de transición **no cambian**; por tanto, el destino y la probabilidad de fijación tampoco. Para r=2, los tiempos son 2 y 62/45 unidades respectivamente. Se documenta explícitamente la convención de reloj.

## C264: balance mutación-selección y dominancia

**Figura 264.2 (secciones 264.2–264.3).** Haploide a con selección adversa s y mutación directa A→a con probabilidad u, sin mutación inversa. Ciclo: q_s=(1−s)q/(1−s q); q_next=q_s+u(1−q_s). La variación tiene signo de (1−q)(u−s q). Desde q interior, el atractor q*=u/s si u<s, y el borde q=1 si u≥s. Se comparan s=0,1;0,2;0,4 y u de 0 a 0,28. El estado q=1 también es fijo cuando u<s, pero entonces no es atractor desde el interior; la figura no debe interpretarse como una única solución para cualquier condición inicial.

**Figura 264.3 (sección 264.4).** Haploide s=0,2, u=0,01 y retorno a→A con probabilidad v∈[0;0,25], posterior a la selección. Recurrencia q_next=u+(1−u−v)(1−s)q/(1−s q). La frecuencia estacionaria interior satisface s q²−[s+u+(1−s)v]q+u=0. Se selecciona la raíz admisible pequeña q*=2u/[B+sqrt(B²−4su)], B=s+u+(1−s)v, y se comprueba sustituyéndola en la recurrencia; el CSV conserva q_s y el residuo. Sin retorno q*=0,05 desde condiciones interiores. Cuando v>0 ninguno de los extremos es absorbente.

**Figura 264.4 (sección 264.5).** Diploide idealizado con apareamiento aleatorio y Hardy–Weinberg antes de selección, AA:1, Aa:1−h s, aa:1−s, s=0,2; mutación directa u después de selección y sin retorno. Para q=p(a): wbar=(1−q)²+2q(1−q)(1−hs)+q²(1−s); q_s=[q²(1−s)+q(1−q)(1−hs)]/wbar; q_next=q_s+u(1−q_s). Se computa por bisección la **raíz estable interior de baja frecuencia** para h=0,0,25,1 y u∈[0,00025;0,01], acotando el intervalo en q<0,5. Puede existir además un equilibrio de alta frecuencia inestable o un borde absorbente: no se afirma unicidad global. Las aproximaciones de baja frecuencia u/(hs) y sqrt(u/s) se registran solo como referencias de régimen, no se extrapolan indebidamente.

## C265: cuasiespecies y robustez

**Figura 265.2 (sección 265.4).** Secuencia de L=100 posiciones copiadas independientemente, tasa μ∈[0;0,03]. Fidelidad completa exacta Q=(1−μ)^L, comparación con exp(−Lμ), probabilidad de al menos un cambio 1−Q y número esperado Lμ. Estas cantidades son probabilidades de conservación de **secuencia**, no de función ni de supervivencia.

**Figura 265.3 (sección 265.5).** Modelo de secuencia privilegiada a=2, clase alternativa b=1, sin mutación de retorno. Retención fiel Q=(1−μ)^L para L=50,100,200. Desde frecuencia inicial positiva de maestra, la fracción estacionaria interior es x*=(aQ−b)/(a−b) cuando aQ>b y x*=0 en caso contrario; si la maestra no existe inicialmente, el modelo sin retorno no puede reintroducirla. Los valores críticos μ_c=1−(b/a)^(1/L) están incluidos en CSV. **Pérdida de localización de la maestra no significa extinción de todos los replicadores.**

**Figura 265.4 (sección 265.7).** Dos linajes activos sin intercambio y sin retorno desde estados estériles: λ_A=2(1−m), λ_B=1,8(1−m/4) para m∈[0;0,4]. La igualdad λ_A=λ_B se da en m=4/31. Estos son factores **de crecimiento de copias activas**, no frecuencias de toda la población ni una demostración empírica de ventaja de robustez.

## Regeneración, controles y publicación

Se requieren Node.js 22+ y Python 3.12+ sin dependencias de generación externas ni números aleatorios. Los nueve SVG incluyen título accesible (`title`), descripción (`desc`), `role=img`, ejes y leyendas; los nueve CSV contienen valores numéricos de ocho decimales. El generador y el ZIP son deterministas: 21 entradas lexicográficamente ordenadas (9 SVG, 9 CSV, este README y dos archivos mjs), formato ZIP sin compresión, sin timestamps ni metadatos variables. El manifiesto registra tamaños y SHA-256 de cada recurso y el hash del ZIP decodificado.

node content/supplementary/repro/c263-265-expanded/make_figures.mjs --check content/supplementary
node content/supplementary/repro/c263-265-expanded/make_figures.mjs --out /tmp/complexa-c263-265
python scripts/check-c263-c265-science.py

La auditoría científica independiente implementa las relaciones analíticas y las matrices con algoritmos distintos de los generadores. CI comprueba exactitud byte a byte de SVG, CSV y ZIP, integridad, construcción y enlaces. Tras merge, verify-live comprueba mediante HTTPS real tres HTML, nueve SVG, nueve CSV, README/fuentes y ZIP de 21 entradas con SHA-256. Toda extrapolación a poblaciones biológicas reales requeriría datos, controles y pruebas de idoneidad del modelo.